Однако, как и каждый метод, метод импрегнации имеет свои недостатки. Важнейший из них состоит в невозможности изучать тонкую структуру сосудистой стенки, импрегнированной серебром. К недостаткам его может быть отнесена также тщательность проводки материала и длительность ее для мозга взрослого животного и человека.